1、公司营业执照、公章、财务印鉴的意义
营业执照是确认公司独立以自己名义享有权利、承担义务的主体资格的法律凭证，公章是公司对外进行活动的能够代表公司进行意思表示的法律凭证。财务印鉴是代表公司进行金钱收付活动的有效凭证。
2、因公司印章控制权引发的纷争，其实质是对公司控制权的争夺
实务中，公司股东之间发生纠纷，常常陷入一种公司僵局状态。而鉴于公司印章一般具有对外代表公司意志的表象，故此，因公司印章控制权引发的纷争，其实质涉及公司内部治理中对公司控制权的争夺，故此类案件宜作为公司纠纷案件由民商事审判庭予以管辖。
二、公司印章被侵占的情况下，起诉人诉讼主体资格的问题
（一）公司的法律文书无法加盖公司印章时，起诉或者应诉是否为公司真实意思表示
1、一般情况下，起诉状、答辩状、授权委托书等文书加盖公司印章代表公司真实意思表示
在民事诉讼中当事人应当证明自己的主体身份合法、真实，在实践中表现为：立案时法院要求原告提供公司营业执照副本复印件、盖有公司公章和法定代表人签字的诉讼文书。以此判断其起诉或者应诉是否为其真实意思表示。但在实际经营过程中，有时由于公司内部治理的混乱，公司股东、董事、经理及其他人侵占公司印章不予归还，导致公司的法律文书无法加盖公司印章，是否允许公司以其他能够代表公司真实意思表示的证明材料进行诉讼，实践中存在争议。
2、法定代表人是代表企业行使职权的签字人，其签名代表的是公司法人的意志行为
《民事诉讼法》第48条第2款规定：“法人由其法定代表人进行诉讼。其他组织由其主要负责人进行诉讼。”《企业法人登记管理条例》第11条规定：“登记主管机关核准登记注册的企业法人的法定代表人是代表企业行使职权的签字人。”在公司公章被他人占有的情况下，法定代表人代表公司起诉应当允许，毕竟公章、签名都只是一种形式，法定代表人签名代表的是公司法人的意志行为，而不是法定代表人的个人身份。
3、法定代表人在文书上签字，即可认定其为公司真实意思表示
因此，有权代表公司作出起诉和应诉意思表示的是法定代表人，故从理论上，法定代表人的意见较之公司印章更具决定意义，如公司股东、董事、经理及其他人侵占公司印章不予归还，起诉状等法律文书无法加盖公司印章，只要有法定代表人在文书上签字，即可认定其为公司真实意思表示。
（二）尚未办理工商登记变更手续的法定代表人参加诉讼的问题
1、在特殊情况下，公司股东会、董事会的决议和授权亦可代表公司直接进行公司的意思表示
《公司法》第36条规定：“有限责任公司股东会由全体股东组成。股东会是公司的权力机构，依照本法行使职权。”第46条规定：“董事会对股东会负责，行使下列职权：……（二）执行股东会的决议……。”股东会是公司的权力机构，董事会负责执行股东会的决议，因此，一般情况下是通过公章和法定代表人签字来代表公司进行意思表示，但在特殊情况下，公司股东会、董事会的决议和授权亦可代表公司直接进行公司的意思表示。
2、原法定代表人不能或者不履行职责致使不能依法召开股东会时，董事或股东有权召集、主持会议，依法作出决议
国务院《关于修改（企业法人法定代表人登记管理规定〉的批复》第7条规定：“有限责任公司或者股份有限公司更换法定代表人需要由股东会、股东大会或者董事会召开会议作出决议，而原法定代表人不能或者不履行职责，致使股东会、股东大会或者董事会不能依照法定程序召开的，可以由半数以上的董事推选一名董事或者由出资最多或者持有最大股份表决权的股东或其委派的代表召集和主持会议，依法作出决议。”3、新的法定代表人可以持董事会、股东会、股东大会的决议证明其法定代表人身份参加诉讼
根据上述规定，法定代表人不能或者不履行职责，股东会、股东大会或者董事会召开会议作出决议变更法定代表人，但尚未办理工商登记变更手续的，新的法定代表人可以持董事会、股东会、股东大会的决议证明其法定代表人身份参加诉讼，并由其代表公司签署相关法律文书，或者由公司股东会、董事会决议授权的其他人代为进行诉讼。
综上所述，公司股东、董事、经理及其他人侵占公司印章不予归还导致无法提起诉讼或者应诉的，公司可以以法定代表人签字的文书参加诉讼。公司法定代表人已经变更但尚未办理工商登记变更手续的，新法定代表人可以持董事会、股东会、股东大会的决议证明其法定代表人身份，并由其签署起诉或应诉的法律文书；也可以由公司股东会、董事会决议授权的其他人代为进行诉讼。